Primer Premier是设计和分析PCR引物的软件。通过自动预防同源性和模板二级结构来设计高扩增效能的引物。

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尺度PCR检测的引物设计

Primer Premier的搜索算法使用nearest邻热力学算法查找拥有正确解链温度的梦想PCR、多沉和SNP基因分型引物。在依照排序汇报适合您的序列的引物之前，先筛选引物的二级结构、二聚体、发夹结构、同源性和物理个性。建设方便的推算器，您能够方便的操作序列并分析引物设计的了局。

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SNP基因分型分析的引物设计

使用Primer Premier，您能够从dbSNP加载序列，并选择设计的引物位于SNP的两侧。通过在尺度GenBank/dbSNP文件中将它们指定为变异特点，也能够加载数百个未颁布的SNP。在指定SNP后，能够设计引物以放大它们以使用基于探针的化学步骤进行检测。

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多沉检测

对于多沉尝试，Primer Premier使您可能以批处置模式启动引物搜索，而后检测所设计引物的交叉反映性，从而削减谬误引物。

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自动同源性和模板结构预防

Primer Premier会自动诠释BLAST搜索了局并避开这些区域来设计与数据库拥有交叉同源性的引物。这些同源区域在序列视图中凸起显示，并在引物搜索期间被避开。

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由于在延长温度下存在模板结构，引物延长可能会受到故障。为了预防模板可能自行折叠的全数此类区域，该法式利用专有算法在您指定的折叠温度下查抄模板内可能的二级结构。参加二级结构形成的区域在序列视图中标有下划线，并在设计引物时被避开。

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预防同源区域使寡核苷酸拥有高度特异性，预防模板结构提高了设计引物的效能。

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手动引物搜索

Primer Premier为用户提供对引物设计的节造。使用手动引物搜索选项，用户能够选择模板序列上的肆意地位来设计有义或反义引物。Primer Premier会立即推算并显示新引物的个性。用户了局选择的引物随后显示在主窗口的序列视图中。

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编纂模板序列

模板序列是可编纂的并且能够由用户更改
Ｄ芄皇褂贸叨鹊募羟/复造/粘贴职能批改基础
Ｄ芄皇褂蒙境磁ド境槐匾男蛄星。用户能够评论或注解序列并保留它们以供未来参考。

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特点：

新改进的搜索算法

• 新改进的搜索算法

• 自动同源性和模板结构预防

• 序列视图以可视化序列上的引物

• 新改进的图形用户界面

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自动序列检索

使用登录号/GI编号和检测ID将批秩序列直接从GenBank和dbSNP急剧检索到法式中。使用多沉检索工具，能够从本地驱动器加载序列。

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自动同源性和模板结构预防

引物特异职能够通过在法式中执行BLAST搜索和搜索模板结构来实现。在设计引物时会使用这两种搜索的了局。在引物设计过程中会自动避开拥有显著交叉同源性和模板结构的区域。

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评估预先设计的引物

Primer Premier分析和评估预先设计的引物的个性并对它们进行排序，以便您判断引物与所需指标值的距离。若是您使用已颁布或预先设计的经过充分验证的引物，此职能很有效；鼓芄黄拦烙涤卸啻5个错配的引物。

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对于特定的引物，Primer Premier甚至能够设计兼容的套装。例如，对于预先设计或颁布的正向引物，Primer Premier能够找到切合全数设计尺度的兼容反向引物。

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您甚至无需输入模板序列即可评估正向/反向引物或引物对。Primer Premier显示在分析的寡核苷酸的全数属性，并以HTML或csv文件体式导出。对引物进行排名，使您可能判断它们与指标值的靠近水平。

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手动引物搜索

Primer Premier提供对用户手中的引物设计的节造。使用手动引物搜索选项，用户能够单击模板序列上的肆意核苷酸以在他们选择的地位获取引物。Primer Premier设计了一个3'结尾位于该核苷酸的引物，并立即分析其个性。凭据用户的方便，也能够增长/削减引物的长度。对于诱变和克隆。此职能有助于在其他受限区域获得梦想设计。Primer Premier可能沿着DNA序劣装滑动”引物序列，实时显示个性，使用户可能可视化定位寡核苷酸的梦想地位。

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编纂模板序列

能够编纂模板序列
Ｄ芄皇褂贸叨鹊募羟/复造/粘贴职能批改碱基，将感兴致的地位归零
Ｄ芄煌ü≡袼遣⒌セ魃境瓷境槐匾男蛄星。该法式还允许用户为序列增长注解或注解以供未来参考。

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序列视图

所选系列能够以每块3或10个碱基、单链或双链的大局查看。设计的引物被象征，有义引物为蓝色，反义引物为红色。选定的SNP象征为粉红色。同源区域以黄色凸起显示，参加模板结构的碱基加下划线。您能够将“序列视图”与引物设计了局一路以csv或HTML体式导出。

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天生汇报

您可以为您的尝试室笔记本设计的化验以及与同事共享信息创建演示质量汇报。该汇报可视化引物在序列上的地位，蕴含备用引物列表，显示引物、扩增子和序列个性以及引物设计法式使用的设计参数。

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本地和桌面BLAST选项

您能够使用本地和桌面BLAST选项对本地自定数据库对您的序列进行BLAST。在您的推算机上创建一个文本或FASTA体式的序列数据库，而后从Primer Premier中对您的查问序列进行BLAST。而后将了局用于引物设计。若是您不想在Internet上提交您的数据，或者您在处置未颁布的信息，这种支持很有效。

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推算器

内置推算机推算GC%，显示碱基计数，使您可能获得互补链和反向互补链。

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数据和数据库治理

能够创建多个项目。通过为每个尝试创建单独的项目，能够方便治理多个尝试的数据。守护用于序列信息和搜索了局的本地数据库。

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系统要求：

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Windows支持的平台：XP/Vista/Windows 7/Windows 8/Windows 10

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【英文介绍】

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Primer Premier is the most comprehensive software to design and analyze PCR primers.

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Primer Premier's search algorithm finds optimal PCR, multiplex and SNP genotyping primers with the most accurate melting temperature using the nearest neighbor thermodynamic algorithm. Primers are screened for secondary structures, dimers, hairpins, homologies and physical properties before reporting the best ones for your sequence, in ranked order. Equipped with a handy calculator, you can easily manipulate sequences and analyze the results of your primer design.

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Primer Design for SNP Genotyping Assays

With Primer Premier, you can load sequences from dbSNP and have the primers designed flanking the SNP selected. Hundreds of unpublished SNPs can also be loaded by specifying them as variation features in standard GenBank/dbSNP files. After specifying the SNPs, primers can be designed to amplify them for detection using a probe-based chemistry.

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Multiplex Assays

For a multiplex experiment, Primer Premier enables you to launch a primer search in batch?mode and then checks the cross reactivity of the primers designed, thereby reducing false priming.

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Automatic Homology & Template Structure Avoidance

Primer Premier automatically interprets the BLAST search results and avoids those regions to design primers that have significant cross homologies with the database. These homologous regions are highlighted in the sequence view and are avoided during primer search.

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Primer extension may be hindered due to the presence of template structures at extension temperature. To avoid all such regions, where the template may fold upon itself, the program utilizes a proprietary algorithm to check for possible secondary structures within the template at a folding temperature you specify. The regions involved in the formation of a secondary structure are underlined in the sequence view and are avoided while designing primers.

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Avoiding homologous regions makes the oligos highly specific and avoiding template structures improves the efficiency of the designed primers.

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Manual Primer Search

Primer Premier offers complete control over primer design to the user. Using the manual primer search option, a user can select any position on the template sequence to design a sense or an anti-sense primer. Primer Premier instantly calculates and displays the properties of the new primers. The primers finally selected by a user are then shown in the Sequence View on the Main window.

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Edit Template Sequence

The template sequence is editable and can be changed by a user. Bases can be modified using the standard Cut/Copy/Paste functions. Unwanted regions of sequences can be removed by using the Delete button. Users can comment or annotate a sequence and save them for future reference.