概述

PRIMER with PERMANOVA+ 是 PRIMER-e 面向多变量生态、环境与生物群落数据分析推出的软件。它在一连 PRIMER 经典工作流的基础上，强化了数据整顿、统计检验、图形索求、复杂尝试设计与高维数据建模能力。

对于从事生态监测、海洋生物、群落结构、环境影响评价、生物多样性钻研及有关统计分析的用户来说，PRIMER 能够覆盖齐全的多变量分析流程：从原始数据整顿、变量或样本汇总，到经验散布比力、PERMANOVA 复杂设计、DISTLM/dbRDA、CAP/PCO 以及多变量节造图，都能在统一软件环境中实现。

正版PRIMER

PRIMER 软件职能亮点

PRIMER with PERMANOVA+ 提供大量实用工具和统计步骤。这些职能既蕴含改善日常使用效能的数据处置与图形工具，也蕴含 PRIMER-e 在多变量统计分析方面的扩大步骤。

扩大的汇总统计

用户能够更方便地对变量或样本进行汇总统计。软件支持多种尺度统计量，例如均匀值、中位数、领域、极幼值、极大值、指定分位数、偏度、峰度等。

同时，软件还提供若干专门的诊断指标，例如呈显斓率、单例数量、双例数量、给定阈值以上的极幼值等。用户还能够依照因子或批示变量对数据进行分组后再推算汇总了局。

经验散布 / K-S 检验

软件能够创建原始经验散布或累积经验散布，并以图形方式查看了局。软件还能够运行稳重的 Kolmogorov-Smirnov 检验，用于比力两个组的经验散布，也能够在另一个因子的分歧水平内进行比力。

点图 / 幼提琴图

点图和幼提琴图能够直观展示肆意单个变量在多个组之间的样本值散布状态。通过这类图形，用户能够更明显地观察分歧组的散布状态、离散水平和潜在差距。

单变量非参数步骤

软件提供了一组单变量非参数统计检验。PRIMER 对这些检验的实现拥有创新性：它们都依赖稳重的置换算法，并且会自动输出有关图形。

可用检验蕴含：

• Wilcoxon 符号秩检验，用于配对双样本
• Mann-Whitney U 检验，用于非配对双样本
• Kruskal-Wallis 检验，用于多个组之间的比力
• Kolmogorov-Smirnov 检验，用于比力经验散布
• 关联检验，用于两个变量之间的关系分析

允许异质离散度

PERMANOVA 为基于多变量相异性的分析提供了多变量 Behrens-Fisher 问题的解决规划。用户能够在允很多变量离散度存在异质性的情况下，检验多变量质心之间是否存在差距。

这一职能合用于组内离散度分歧但仍必要比力组间质心地位差距的钻研场景。

有限因子

固定因子与随机因子不愿定必须被看作严格的二分关系，也能够理解为一个陆续谱。PERMANOVA 支持"Finite"有限因子类型，允许用户指定样本水平所来自总体中的水平数量。

这能够显著提高揣度检验的统计功效，尤其合用于环境影响钻研等场景。

裂区设计 / 沉复丈量

PERMANOVA 支持"Subject/Whole-plot error"因子类型。用户能够在钻研设计中指定多个层级的误差起源，从而更容易、也更直接地分析沉复丈量、裂区设计以及更复杂的裂区-裂区设计。

周期性检验 / 分组协变量

在 PERMANOVA 中，用户能够使用批示变量将多个协变量分组。这样能够成立更多模型，用于分析多变量数据中的周期性、循环性以及其他时空模式。

质心图

新的质心图能够援手用户可视化多因子 PERMANOVA 模型中主效应的相对沉要性，也能够索求复杂 PERMANOVA 钻研设计中各单元格质心之间的模式。

这些图形都构建在用户所选择的类似性或相异性怀抱空间中，因而可能与模型分析维持一致。

残差图

用户能够通过 PERMANOVA 去除一个或多个主导因子的影响，或通过 DISTLM 去除一个或多个回归变量的影响，并输出样本单元之间的残差距离或残差相异性矩阵。

对残差距离矩阵进行排序分析后，能够急剧可视化那些非主导因子的变动模式。

多变量节造图

软件能够基于用户选择的类似性或相异性怀抱创建多变量节造图。用户能够依照功夫构建节造图，支持渐进式、基线式或移动窗口等尺度，并凭据寂仔观测判断某个单独观测是否处于"失控"状态。

这类步骤可用于监测类利用，例如持久生态监测、环境质量跟踪和多变量异学问别。

新的尺度化选项

软件能够在因子或批示变量的组别/水平内，别离对样本或变量进行尺度化。输出了局能够选择原始百分比、累积百分比、原始比例或累积比例，并且能够由用户指定排序方式。

从陆续变量创建有序分组

软件能够基于肆意陆续变量天生一个新的因子，该因子由有序组组成。用户能够使用多种前提来界说相宜的组天堑。

例如，用户能够将分位数指定为分组断点，也能够创建若干个样本量相称的组，或通过降低组内平方和等尺度来确定分组天堑。