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USEARSH v12已于2024年开源
，但仍保留了序列处置、嵌合体检 测等22个关键职能

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USEARCH（Ultra-fast sequence analysis）是一款序列分析软件
，在序列比对、聚类、操作等多领域被宽泛的利用。在扩增子分析领域的OTU聚类极度受欢迎。该软件由Robert Edgar开发
，在序列搜索、聚类、去沉、去嵌合体等步骤的度以及效能上。

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USEARCH的利益如下：

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1.高通量搜索聚类

USEARCH是一个序列分析工具
，占有大量用户。UAEARCH比对速度是BLAST的10-1250倍
，聚类速度是CD-HIT的1-1000倍。

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2. 更高的出产率和洞察力

USEARCH将分歧的算法结合到一个拥有杰出文档和支持的软件包中
，这样能够缩短您的进建曲线
，削减为给定工作所需采取的步骤
，并削减推算功夫。USEARCH会激励您索求数据
，获得新见解
，并建议您使用较慢的工具可能没有尝试过的新分析。

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3. 装置单一便捷
，法式幼巧
，易用

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2018年7月底
，USEARCH新版11已正式颁布。新版Version 11
，新增了6大新职能以及21个新号令。

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新职能蕴含：

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1.Machine learning：机械进建
，重要蕴含随机丛林、屡次交叉验证、OTU分类有关性
，蕴含的号令有丛林训练、丛林分类和丛林交叉验证

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2.Improved cross-talk detection:改进嵌合体检测

3.Novel alpha diversity metrics：新增了两种Alpha多样性指数：Mirror estimator 、Singleton-free（FE）estimator

4.Octave plots for visualizing alpha diversity：Octave plots（八度图）展示Alpha 多样性
，方便观察样品中真实序劣注测序谬误和嵌合体数量

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5.Statistical significance of diversity differences between groups：样品组间多样性比力

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6.Cross-validation by identity （CVI）：统一性交驻验证预测的率

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新增号令：

• calc_lcr_probs：Calculate lowest common rank probabilities 推算序列物种分类各项概率
• cluster_tree：Construct clusters from tree using distance cutoff 基于树文件聚类
• distmx_split_identity:Split distance matrix into test/training pair for CVI 拆分距离矩阵为测试和训练集
• fastx_syncpairs：Sort forward and reverse reads into the same order 双端序列找成队并排序
• fastx_trim_primer：Remove primer-binding sequence from FAST×file 引物匹配并切除
• forest_classify：Classify data using random forest 随机丛林分类预测
• forest_train:Train random forest classifier 随机丛林分类器成立
• nbc_tax：Predict taxonomy using RDP Naive Bayesian Classifier algorithm 选取RDP算法预测分类学物种注解
• otutab_binary：Convert OTU table with counts to presence（1）/absence（0） 转换OTU表为二元（佑注无）大局
• otutab_forest_classify：Classify samples using random forest 样品随机丛林分类
• otutab_core：Identify core microbiome in OTU table 鉴定OTU表中主题微生物组
• otutab_forest_train：Train random forest classifier on OTU table 基于OTU表的随机丛林训练
• otutab_otus：Extract OTU labels from OTU table 提取OTU表中的OTUs
• otutab_rare：Sub_sample OTU table to same number or reads per sample 抽样尺度化OTU表
• otutab_samples：Extract sample labels from OTU table 提取OTUs表中样品名
• otutab_select：Identify OTUs which are informative （correlate with metadata）鉴定更有信息的OTUs
  ，即组间差距OTUs
• otutab_xtalk：Identify cross-talk using improved algorithm（UNCROSS2）改进算法鉴定嵌合
• search_pcr2：In-silico PCR,search for matches to primer pair 电子PCR
  ，基于引物匹配扩增区
• subtree:Extracts subtree under given node 提取树中指定结点的子树
• tabbed2otutab：Convert read mapping file （read+OTU）to OTU table 单行表格转换为OTU表
• tree_subset：Extract subset of tree for given set of leaf labels 凭据树叶标签提取子集

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