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Sequencher是DNA 序列分析的工业尺度软件
。它能够和全数自动序列分析仪一起工作
，并且由于它的Contig 组装、很短的进建曲线、用户敦睦的编纂工具
，以及凸起的技术而多所周知
。从差不多15年前初次版本到此刻
，Sequencher在基因和造药公司中利用于序列分析工作
，Sequencher被性命科学钻研者们使用于好多分歧的 DNA 序列分析利用方面
，蕴含基因沉组、突变检测、法医的人体分辨
，以及分类学等等...

Sequencher 内含多衷齑接算法
，还有职能的序列编纂工具、拥有ORF分析
，酶切位点作图、杂合子鉴别等分析职能
Ｄ芄焕糜谠雍献雍蚐NP的检测和分析
，cDNA到染色体DNA的大型间隙对准
，比力排序
，对相信评分的、ORD转换、GeneBank化导入、以及限度酶映射等等
，序列比对可直接用MEGA操作
，编纂更方便
，比对功夫稍短
。Sequencher新版本为5.4.6
。
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DNA序列分析的新职能和加强职能：

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Sanger：

• 从Primer-BLAST发送引物对序列
  ，在Sequencher Connections中运行到Sequencher项目

• 使用项目窗口中的共有序列作为混合测序项主张NGS的参考序列

• New Batch Revert Trim Ends号令

• 可能在项目窗口中调整字体大幼

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NGS：

• 更快的GSNAP 和 BWA-MEM工作流程

• 构建可沉复用于与全基因组的GSNAP数据库和BWA索引

• 使用FastQC汇报查看和保留NGS原始数据文件的质量得分和元数据

• 天生变体挪用文件（VCF）以使用SAMtools象征NGS对齐中的变体

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RNA-Seq：

• 扩大袖和套装
  ，参与Cuffquant和Cuffnorm

• Cuffdiff和Cuffnorm的前提和沉复编纂器

• 加强的RNA-Seq可视化
  ，拥有自界说排序和过滤选项

• 使用加强的表部数据浏览器治理DNA-Seq和RNA-Seq项目

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Sequencher 产品：

• SNP 检测 (SNP Detection)

• 序列装配 (Sequence Assembly)?????

• 序列编纂 (Sequence Editing)

• 自动分析 (Automated Analysis)

• 矢量微调 (Vector Trimming)

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SNP 检测

• 使用 Sequencher 来进行比力对准以便甄别和汇报 SNP 以及突变
  。
  例如
  ，挪用峰
  ，职能分析你的序列以寻找潜在的杂合子
  。你能够节造订义杂合子的严格度
  。

• 在装配总揽中暗示出杂合子的地位

• 你能够从杂合子跳到下
  ，而必要在 Base View 里面按一下空格键
  。你还能够观察及其参考序列的转换
  。
  及其参考序列的区别会列在可导出的表格内
  。参考序列从装配到下装配时
  ，SNP 的数量维持
  。

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序列装配

Sequencher 的装配算法能够将你的 DNA 片段而又的装配起来
。自觉的工具允许你在数秒内就能够设置好参数并且调整它们
。

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你能够不顾方向的装配序列
。Sequencher 会比力前端和回转补体方历来装配可能的 Contig
。

将 Sequencher 的多职能装配工具利用到：

• 确定矢量机关

• 装配病毒和细菌基因组

• 从 DNA 库中聚类数以万计的序列

• 将基因变体和参考序列做差距化数据

• 创建引物地图

• 将 DNA 装配成基因组序列

• 以及项目...

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Sequencher可能给你足够的信心以为序列是决定正确的
。你能够只观察序列的色谱图
，你也能够早年端或反方向同时查看多个对齐的色谱图
。在你的已对齐数据中滚动式很的
。你能够使用Sequencher的选择工具来高亮不或者低质量的区域
。

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下一代DNA测序（NGS）

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?Sequencher通过将新的同业评审的NGS算法从号令行中带入直观的点击界面
，为台式科学家提供
。是执行参考疏导的比对
，重新组装
，变体挪用还是SNP分析
，Sequencher都占有获得了局的工具
。Sequencher了的Cufflinks套件
，用于深刻转录分析和RNA-Seq数据的差距基因表白
。Sequencher能够使用自界说图表和图表天生RNA-Seq数据的可视化
，从而在几秒钟内为您提供可用于颁布的图形
。

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Sanger DNA分析

Sequencher宽泛的Sanger分析职能是它构建的基础
。重新到尾可定造
。凭借易于使用的界面已经磨炼超过25年
，初次用户将在几分钟内感触像人士
。建剪读取
，自界说装配和对齐算法
，变动表
，提要汇报
，注解等内容
。

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序列编纂

Sequencher 可能给你足够的信心以为序列是正确的
。你能够只观察序列的色谱图
，你也能够早年端或反方向同时查看多个对齐的色谱图
。 在你的已对齐数据中滚动是很的
。你能够使用 Sequencher 的选择工具来高亮不或者低质量的区域
。

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自动分析

Sequencher 可对你的数据进行批处置
，这个过程是通明、用户可界说、可复原的
，并且 Sequencher 不为了自动化的主张而粉碎你科学结论的正确性
。
当你工作在多个序列时
，Sequencher 能够：

• 挪用峰

• 调整矢量

• 调整低质量的尾端

• 创建序列

• 复原到尝试数据

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Sequencher 总是治理两份数据
，一份编纂过的
，一份则是原始的导入数据
。当你利用“Revert to Experimental Data”号令到在你项目中已选定的序列或者在一序列中的选中部门时
，你能够撤销或者部门编纂作为
。
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自从 4.5 以来
，Sequencher 就了新的自动化工具
，“Assemble by Name”
。依附“Assemble by Name”
，你能够选择片段名的一部门作为共享的标识符
，或者说是“装配句柄”
。Sequencher 就能够将选择和名字自动转换为 Contig
。例如
，通过按钮的点击
，你就能够将 90 个文件
，45对前端和反向序列转换成 45 个凭据你的病人编号定名的 Contig
。装配参数的变动城市沉组你的片段
，因而你能够凭据克隆编号、日期、引物
，或者你纪录在序列名称中的
，来装配 Contig
。

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若是你做了排序
，你会感激“Assemble by Name”
，尤其是在你有个带有尺度引物集的样本序列时
。事实上
，在序列名中拥有可用信息人的人
，都有可能使用“Assemble by Name”
。一些利用：

• 用于身份鉴定和人丁钻研的 MHC 和线粒体基因排序
  。

• 候选基因的 PCR 产品的分析
  。

• 对保留的跨系统分类物种基因的排序
  。

• 通过跟踪病毒匹敌病毒剂或疫苗的抗药性
  ，对病毒序列进行监控
  。

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即便在项目中 Contig
，“Assemble by Name”依然是有效的
，由于它 Contig 的名称能够较地表述样本的名称
。若是你有定名为“Bob”的样本
，那么正确定名你的 Contig 并不是什么难事
，但你有象“Bob-2309888762-4321」剽样更复杂的名字时
，允许 Sequencher 定名你的 Contig 是有效的
。

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矢量调整

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自动排序器以基础挪用谬误天生了局
。从 DNA 库克隆的序列通常矢量序劣注polyA 尾
，或不有关序列
。内含子和引物序列通
；岷头糯蟮谋硐宰有蛄胁嗝嫦嗔
。不调整的话
，这些传染物会扭曲你的装配和下游分析
。 Sequencher 允许你调整低质量或者抽象的数据
。“Trim Ends”将令人误会的数据从序列片段的尾部去除
。“Trim Vector”将传染序列尾部的序列数据移除
。“Trim to Reference”剔除超出装配参考序列的序列尾部
。

在执行调整之前
，Sequencher 会显示打算调整的图形描述
，这个职能允许你沉新界说你的前提
。

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系统要求：

Mac要求：

Mac平台当前版本的Sequencher 5.4.6版本：10.7、10.8、10.9、10.10、10.11、10.12、10.13和10.14

在Mac上Sequencher的硬盘空间要求为355MB

在Mac上运行Sequencher的内存要求是8GB RAM
。使用DNA-Seq工具处置NGS数据必要额表的6GN RAM
。对于GSNAP
，建议16GB
。

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Windows要求：

操作系统：Windows 10
，Windows 8.1
，Windows 8和Windows 7Sequencher 4.8和版本
。Sequencher 5.4不再提供Windows XP
。Sequencher 5.4.1不再提供Windows Vista
。Sequencher 5.4.6不再Windows 7.

Windows上Sequencher的硬盘空间要求为280MB

在Windows上运行Sequencher的内存要求是3GB RAM

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把稳：Apple刊行时
，Sequencher5.4.6将与MacOS Catalina（10.15）不兼容
。为了持续使用Sequencher 5.4.6
，请临时不要升级MacOS
。