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若何使用Sequencher软件查看DNA序列

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Sequencher是DNA序列分析的软件。它能够和自动序列分析仪一起工作,并且由于它能够Contig组装、很短的进建曲线、用户敦睦的编纂工具,以及技术而被周知。

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使用Sequencher软件查看DNA序列

使用Sequencher的步骤步骤:

A、查看峰图或编纂

  1. 打开软件

  2. 载入文件(abl体式)

  3. 双击打开文件,可见序列信息

  4. 点击右上角的“show chromatogram”可见峰图

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B、整合多个文件,存为文件:

  1. 打开文件

  2. 载入文件夹import

  3. 选中文件,点击file下的export导出,选择“selection as subproject”,弹出保留的对话框,定名保留文件并选择体式(txt)。

该txt文件可用clustal x打开,进行序列比对,保留为aln体式后,能够不用bioedit打开进行编纂批改。

注:Sequencher软件的重要职能为序列查看。序列比对可用MEGA操作,编纂更方便,比对功夫稍短。

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Poly结构后双峰问题:

Poly A/T结构通常致其后的峰图出现沉叠峰,PolyG/C结构通常致其后的峰图出现信号衰减。Poly结构是测序失败常见的原因之一,目前还没有很的步骤解决Poly结构的影响,但而言,PCR样品Poly结构后双峰的概率很高,而菌液中Poly结构对测序了局的影响较少或没有。

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解决法子:

  • 反向测序再拼接

  • 衔接到载体后测序

也有一些Poly结构对测序影响较低。

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2020-02-27 06:07
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