Sequencher是一款DNA序列拼接和分析软件，它能够和自动序列分析仪一起工作，并且由于它的Conting组装、进建曲线、用户敦睦的编纂工具，以及技术而被周知。

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Sequencher内含有多衷齑接算法，还有职能的序列编纂工具，拥有ORF分析、酶切位点作图、杂合子鉴别等分析职能Ｄ芄焕糜谠雍献雍蚐NP的检测和分析，cDNA到染色体DNA的大型间隙对准，比力排序，对相信度的、ORF转换、GeneBank化导入，以及限度酶映射等等，序列比对可直接用MEGA操作，编纂更方便，比对功夫稍短。

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Sequencher职能

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Sanger测序

Sequencher使传统的序列组装变得，同时又能节造。

建剪序列以获得质量较高的数据。您甚至能够守护建剪尺度库，以使生涯。

通过直观的控件，您可以为数据选择较好的算法，“汇编为参考”。并且，若是您要处置来自分歧起源的多个样本，请使用“按名称组装”自动进行组装。

借助可援手您查找和处置歧义，查抄杂合子以及在数据中移动的工具，编纂数据很。

使用相信度值可援手整顿数据，质量查抄和SNP检测，以提高了局的质量。

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序列编纂

Sequencher为您提供DNA序列编纂工具，您必要知路这些序列正确。您能够一次查看序列的色谱图数据，也能够正向和反向查看多个对齐的色谱图。

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能够的查看已对齐的数据，也能够使用Sequencher的选择工具凸起显示差距较大或质量较低的区域。

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序列建整

自动化的DNA测序偶然会产生质量较差的读数，尤其是测序引物位点左近以及较长序列运行实现时。DNA文库中的克隆序列通常载体序列，polyA或无关序列。内含子和引物序列时时位于扩增的表显子序列的侧翼。除非通过建剪将其删除，不然这些伪影城市扭曲您的序列装配和下游序列分析。

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Sequencher通过了易于使用但职能的工具，可援手您建剪质量差或闪动其词的数据：

建剪结尾可从测序片段结尾误导性数据。

建剪向量可删除传染序列结尾的于序列的数据。

建剪参考消去了延长超出组合参考序列的序列的结尾。

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在执行建剪之前，Sequencher将显示建议建剪的图形暗示，使您能够进一步美满前提。

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若是由于建剪太严格或想要提高覆盖率而想要再建剪序列的任一端或两端复原肯定数量的碱基，则使用“批量还原建剪结尾”能够做到这一点。只单击几下，您就能够将碱基还原为几千或几千个序列，并获得对序列建剪的更多节造。

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序列组装

Sequencher的直观控件使您能够设置序列装配参数并在几秒钟内对其进行调整，从而能够的装配DNA片段。Sequencher会自动比力正向和反向互补序列，以组装可能的较好沉叠群，因而方向若何，您都能够组装DNA序列。

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将Sequencher的多职能组装工具利用于

• 比力基因变异与参考序列

• 确认载体构建

• 组装病毒和细菌基因组

• 从cDNA文库中聚簇成成千上万个序列

• 将cDNA组装成基因组序列

• 创建底图

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组孜拷寮

参考序列是的职能，是测序和序列分析的方面的主题。您是从事SNP狩猎，从事法医学，系统发育钻研，医学遗传学还是人群钻研，您都使用参考序列职能。

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以GenBank体式导入序列，其表将利用于该序列，并将其象征为参考序列。组装到参考序列意味着您能够将您的读段与原型参考序列进行比力。

若是您要处置来自分歧起源的多个样本，则甚至能够使用“按名称组装”来自动执行工作。

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您甚至能够使用∥拷寮序劣妆来领导去除感兴致之表的序列或添补序列覆盖领域内的空缺。

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使用方差及其的汇报可视化了局

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多序列比对

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簇状

自4.9版以来，Clustal以成为Sequencher插件家族的一部门。它是一种宽泛使用的多序列比对法式，该法式通过确定一组序列上的成对比对，而后构建以近似性对序列进行分组的树状图，而后以树状图为领导进行比对。您能够使用Clusta直接从Sequencher项目窗口中比对序列。从一系列参数中进行选择以节造对齐过程。

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对齐实现后，您将在Sequencher中看到或多个沉叠群的了局，您能够对其进行分析。

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通过将Clustal于Sequencher的“按名称组装”职能相结合，能够比对来自分歧起源的多个序列，从而加快Clustal的比对速度。

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而后，以分歧的体式（例如MSF，Phylip，NEXUS和FastA）导出了局以供法式使用，或者只是达成共识并导出。

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MUSCLE

MUSCLE是多序列比对（MSA）法式，它参与了Sequencher 5.1的插件。它参与了Clustal，成为Sequencher的DNA-Seq工具中的个MSA法式。

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MUSCLE在调整的过程中有四个重要步骤。初步，使用k-mer聚类在序列对之间构建距离矩阵，而后将其转换为树。步使用该数来领导渐进式对齐。在两个步骤中，MUSCLE算法尝试了多种分歧的步骤，以查看是否有可能并因而多沉对齐方式。

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一旦过程实现并且MUSCLE成立了比对，您将在Sequencher中将了局视为沉叠群。使用Sequencher的工具注解比对或导出比对并将其放入的系统发育法式中。

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MUSCLE是号令行法式，这意味着通常您将通过终端法式使用此法式。Sequencher使您能够使用MUSCLE的职能，而不会出现进建使用UNIX号令行的问题。

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限杜壮射

Sequencher提供了非工具集，可用于天生DNA序列的线性限度酶切图。通过频率，凸起端质或鉴别序列的长度来筛选您的酶选择。

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您还能够指定的载体和多接头序列，以援手您设置克隆战术。

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相信度值

Sequencher在“项目”窗口，“序列编纂器”和“序列获守信息”窗口中显示相信度和汇总相信度信息（若是在DNA序列文件中可用），因而您能够的监督数据质量。

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您甚至可以为您的相信度值指定截止领域，并通过色彩代码查看这些领域。

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SNP检测

Sequencher有几个的工具可援手您检测DNA序列中的突变和SNP。您能够使用Sequencher在一组序列之间进行序列比对，或将或多个序列与参考序列进行比力。Sequencher的Call Secondary Peaks...职能可分析您序列的潜在杂合子＝谠於┮逶雍献拥难细裥院。

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绘造DNA装配总揽中杂合子的地位图

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您能够从杂合子导航到下：在“根基”视图中单击空格键即可。查看共有序列和低于共识序列的参考序列的蛋白质转变。参考序列可从DNA装配到下DNA装配，SNP的编号是的。

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自动化分析

Sequencher以通明，用户可界说和可复原的方式批量处置您的DNA序列数据，而Sequencher从来不会为了自动haul而侵害科学结论。在序列编纂中，Sequencher始终为您提供选择。

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Sequencher始终守护您数据的两个副本，即已编纂的数据和原始导入的数据。当您将“还原为尝试数据”号令利用于项目当选定的序列或选定序列中的碱基时，能够撤销或部门编纂。

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“按名称组装”工具使您能够选择片段名称的一部门，以充任共享标识符或“法式集句柄”。而后，Sequencher进行选择并自动定名沉叠群。Sequencher甚至使用正则表白式匹配来设置ID！

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例如，通过单击按钮，您能够将90个文件，45对正向和反向序列转换为凭据您的ID定名的45个沉叠群。序列装配参数的更改会沉新组合片段，因而您能够凭据克隆ID，日期，引物或您在序列名称中纪录的来装配沉叠群。

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若是您进行大量测序，并且有大量样品是使用尺度的测序引物实现的，则按名称组装将有效。“按名称组装”的一些利用法式能够：

• 测序MHC和线粒体基因以进行鉴定和种群钻研

• 候选基因PCR产品的分析

• 跨物种对守旧基因组序列并跟踪匹敌病毒或疫苗的耐药性

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Sequencher的通例分析

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Sequencher的参考序列是职能，可节造编号，职能等。将其与方差结合使用，能够确定您是要查看已知的还是未知的SNP。

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使用Clustal从Sequencher项目桌面直接比对序列。当您来自分歧起源的多个样本时，甚至能够将“按名称组装”与Clustal一路使用。

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凭据您的工作天生汇报。方差表中的PDF汇报是共享信息，保留在尝试室笔记本中或用于演示的好步骤，

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自界说工作区，节造窗口的地位，并使用标签分序列和沉叠群。使用主题和凸起显示来标识序列区域。在模板中守护设置，以便您和您的同事能够依照一样的尺度操作法式进行工作。

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自界说您的工作区

您能够界说窗口的默认地位，Sequencher会记住体式和共识选项的设置。您还能够将设置（参考序列）保留为项目模板，能够沉复使用以节俭分析设置功夫。

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• 使用主题凸起显示您界说的子序列

• 记住会话之间的标尺设置

• 为您的工风格格选择较好的窗口布局并保留

• 自界说项目窗口的显示

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查找氨基酸

Sequencher中的“查找氨基酸”号令能够鉴别数据中的单个氨基酸序列。使用单字母代码，插入您要查找的氨基酸，Sequencher将在编码这些氨基酸的序列中发现并凸起显示碱基。通过在“查找氨基酸”窗口当选择“查找下”按钮，Sequencher能够的找到切合搜索前提的下一组碱基。

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方差表

的SNP分析工具

此刻，有一种的步骤能够比力DNA序列或沉叠群共有序列，几次单击键就可发现这些序列之间的差距。方差表使您能够筛选大量的序列数据，从而能够可视化您感兴致的碱基。方差表中的单元格都简介到其原始数据，因而您能够的直接在表中验证或编纂假定的差距，并自动更新序列和色谱图数据。找到差距后，Sequencher为您提供导出和汇报选项。这些在“汇报”页面中有更具体的描述。

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多沉沉叠群差距表

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单一沉叠群差距表

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翻译方差表

翻译后的差距表汇总了一组选定样品中的氨基酸差距。由于该表链接到基础序列数据，它是验证氨基酸翻译产生变动的突变以及查抄表白载体的选择。

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将与参考的匹配项显示为空缺单元格分歧，翻译后的方差表以浅灰色显示匹配项。这使您能够看到依然匹配氨基酸的密码子差距。您甚至能够在“查看”模式下看到“变异表”和“翻译变异表”，因而您能够确定哪些DNA序列变动蛋白质序列变动。

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汇报书

Sequencher的输出汇报可创建数据的可打印版本。汇报提供了分析工具，例如人丁汇报中样本的距离。

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人丁汇报是方差表中数据的提要。人丁汇报均两种类型的表格；人丁表和几个单独的具体表，它们描述了人丁表中的组。

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差距具体汇报提供了Sequencher中可用的所以信息，以“差距表”。像在个别差距汇报中一样，提要表列出了样本或列的变量。此表，在差距明细汇报中，描述的变式的明细表都在变式表之后。在表中的具体信息有助于挪用Variant的数据的序列名称，方向和碱基挪用。若是有相信度或色谱数据，则表中序列也这些数据。色谱图数据次级峰贡献的具体信息以及变体较多可六个示踪图的色谱图，只管变体的示踪图的数量是可配置的。

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