?

PrimerPlex是一种高效且复杂的工具，用于设计多沉PCR的引物。多沉分析有助于在单个反映容器中扩增多个指标，从而削减试验功夫和成本。

?

用于多沉PCR和高通量SNP基因分型和分析的寡核苷酸设计

多沉PCR的引物设计存在若干挑战，蕴含引物二聚体、无法分离拥有类似电泳迁徙率的扩增子以及因与非指标DNA模板的非特异性结合而导致的谬误引物。PrimerPlex选取专有算法，在统一的反映前提下为100多个序列设计梦想的多沉引物组。引物组是在筛选了池中的全数引物并尽量削减Tm错配后确定的，以确保特定的扩增和高信号强度。在这个过程中，它在几秒钟内分析了数百万个可能的多沉引物集，并提出了一个备用集的清单。你能够指定所设计的引物对之间的minimum产品大幼差距，以便在凝胶上更好地显示条带。为了保障引物的特异性，引物能够从PrimerPlex与NCBI的肆意基因组数据库进行BLAST搜索。

?

对于SNP基因分型钻研，PrimerPlex设计了SNP侧翼引物。了局蕴含每个DNA模板的引物对，蕴含产品大幼、退火温度和其他物理化学寡核苷酸个性。二级结构的图形显示也能够援手确定它们是否会故障反映。

?

多沉PCR检测用于基因表白分析（使用凝胶电泳的终点检测）、高通量SNP利用（例如基因分型）、下一代测序所需的指标富集、病原体检测、菌株分型和单倍体分型。PrimerPlex还为高通量SNP基因分型分析设计了梦想等位基因特异性捕获探针和等位基因特异性引物延长 (ASPE) 引物。

?

?

PrimerPlex特点：

?

多沉SNP检测和高通量基因分型

使用PrimerPlex，您能够设计SNP侧翼的多沉PCR引物、3' 端拥有SNP的ASPE引物以及捕获中心拥有SNP的探针。PrimerPlex使您可能通过为每个突变设计寡核苷酸来检测中等大幼基因组序列的全数突变。查抄这些引物和探针的多沉性，并显示可能的梦想集中。

?

多沉PCR引物设计

设计合用于多沉检测的引物组可能是一项拥有挑战性的工作。PrimerPlex使用专有算法来设计多沉引物组，很大限度地削减 Tm错配。分析全数组的交叉反映性以确保特异性和有效扩增。您能够从以各类可排序挨次出现的代替列表当选择适合您的尝试需要的集中。使用PrimerPlex，您能够矫捷地设计引物的3'结尾、5'结尾、距这些结尾的指定距离或序列内的肆意地位。

?

对于SNP基因分型分析，该法式设计侧翼突变的引物，例如SNP、DIP（缺失/插入多态性）和MNP（多核苷酸多态性）。

?

检测支持

使用PrimerPlex，设计用于多沉PCR、ASPE和直接杂交检测的寡核苷酸。筛选寡核苷酸的交叉反映性，以确保高信号强度。很大限度的削减Tm错配。筛选寡核苷酸的二聚体、运行和沉复。

?

下一代测序分析

使用PrimePlex，设计用于预测序样品造备和突变检测的多沉寡核苷酸，例如SNP、DIP（删除/插入多态性）和MNP（多核苷酸多态性）就像单击几个按钮一样单一。

?

引物特异性

法式BLAST在一次搜索运行中搜索多个序列。在引物设计期间会自动诠释了局并预防鉴别出的同源性，从而确保设计拥有高度特异性。

?

评估预先设计的引物和探针

PrimerPlex能够使用预先设计好的经过验证的寡核苷酸来构建多沉集。在为每个序列指定寡核苷酸后，分析它们的个性，并提醒用户发现肆意误差。对于预先设计的寡核苷酸不成用的序列，PrimerPlex对其进行设计，查抄它们的多路复用并凸起显示兼容性问题（若是有）。而后，用户能够决定接受该设计或创建一个单独的池。此职能将节造权交给用户。

?

增长MagPlex TAG

该法式此刻还支持MagPlex TAGs数据库以及MicroPlex xTAGs（以前称为FlexMAP TAGs），以便为每个ASPE引物自动增长适当的标签。这些标签的选择使得它们能够很大限度的削减二聚化。并且不会在它们所衔接的寡核苷酸上折叠起来。此表，用户能够覆盖法式的推荐并自行选择标签。若是标签不是unique或者选择的标签与寡核苷酸不兼容，PrimerPlex会提醒用户。

?

系统要求：

?

?

?

Windows支持的平台：XP/Vista/Windows 7/Windows 8/Windows 10

?

【英文介绍】

?

Oligo Design for Multiplex PCR & High Throughput SNP Genotyping and Analysis

PrimerPlex is an efficient and sophisticated tool for designing oligos for multiplex assays. Multiplex assays facilitate amplification of multiple targets in a single reaction vessel, reducing both the time and cost of experimentation.

?

Primer design for multiplex PCR presents several challenges which include primer dimers, inability to separate amplicons with similar electrophoretic mobility and mis-priming due to nonspecific binding to non-target DNA templates. PrimerPlex uses proprietary algorithms to design optimal multiplex primer sets under uniform reaction conditions for over 100 sequences. The primer sets are identified after screening all the primers in a pool and minimizing Tm mismatches to ensure specific amplification and high signal strength. In this process, it analyzes millions of possible multiplex primer sets in a few seconds and presents a list of alternate sets. You can specify minimum product size differences amongst the set of designed primer pairs for better visualization of bands on a gel. To assure primer specificity, primers can be BLAST searched from PrimerPlex against any of the genomic databases available at NCBI.

?

For SNP genotyping studies, PrimerPlex designs SNP flanking primers. The result includes a primer pair for each DNA template with product size, annealing temperature and other physio-chemical oligo properties. A graphical display of secondary structures is also available to help ascertain if they would impede the reaction.

?

The multiplex PCR assays are used for gene expression analysis (end point detection using gel electrophoresis), for high throughput SNP applications such as genotyping, for target enrichment required in Next Generation Sequencing, pathogen detection, strain typing, and haplotyping. PrimerPlex additionally designs optimal allele specific capture probes and Allele Specific Primer Extension (ASPE) primers for high throughput SNP genotyping assays.