设计实时定量PCR数字PCR尝试引物探针的软件

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• 使用Beacon Designer设计多沉实时PCR引物和SYBR Green PCR引物
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Beacon Designer是一个qPCR工具，用于为SYBR Green、TaqMan、HRMA、LNA spiked TaqMan、MethyLight TaqMan、molecular beacons、Scorpions和FRET分析设计高效和特异性寡核苷酸。

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为全数重要qPCR检测设计特异性和高效的寡核苷酸

通过自动诠释BLAST了局和预防模板结构，设计成功的SYBR? Green、TaqMan? 、HRMA Primes、MethyLight TaqMan?、LNA^TM spiked TaqMan?、用于尺度和NASBA?分析、Scorpions?和FRET分析的分子信标。

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自动化您的实时PCR引物和探针设计

Beacon Designer^TM自动设计实时引物和探针。分子生物学家都使用它来设计成功的实时PCR分析。它节俭了失败尝试所涉及的功夫和金钱。Beacon Designer?是一种矫捷的解决规划，可满足您的实时引物和探针设计需要，并且能够屡次收回成本。

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特定且高效的设计：Beacon Designer^TM若何实现？

您能够从法式中BLAST搜索序列并搜索模板结构。在设计引物和探针时使用这两种搜索的了局。在设计过程中会自动避开阐发出显著交叉同源性和模板结构的区域。

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可用的设计选项

SYBR? Green检测设计

SYBR? Green可能是常用的实时PCR试剂。Beacon Designer^TM设计SYBR? Green PCR引物并援手您评估预先设计的SYBR? Green PCR引物组。您能够节造设计参数，也能够使用经过大量钻研和与专家沟通后选择的默认值。您甚至可以为您的特定钻研需要选择自己的默认设计参数。

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除了将引物定位在感兴致基因的肆意地位之表，Beacon Designer还能够设计primers across exon-exon or exon-intron junctions的引物。这些across exon intron junctions设计的引物有助于从gDNA当选择性扩增cDNA。

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HRMA检测设计

Beacon Designer^TM为突变检测提供解决规划。高分辨率熔解分析 (HRMA) 是一种比基于探针的基因分型分析更具成本效益的步骤。该法式选取专有算法，能够设计用于检测突变的梦想引物。

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高分辨率熔解分析引物设计在感兴致的突变两侧，以产生拥有可检测熔解温度变动的短扩增子。引物设计预防模板二级结构，确保有效的引物延长。设计的HRMA引物能够在NCBI的核苷酸数据库中进行BLAST搜索，以查抄它们的特异性。也能够分析预先设计或颁布的引物。

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Dual Labeled Probe设计

Beacon Designer^TM目前支持四种基于探针的化学物质：

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• TaqMan? Probes

使用Beacon Designer^TM获得梦想TaqMan? probes，援手您使用TaqMan? SNP基因分型分析钻研差距基因表白或钻研SNP（单核苷酸多态性）。您还能够选择设计Locked Nucleic Acid?(LNA^TM) 代替TaqMan? probes，它比尺度TaqMan? probes更不变。为了钻研DNA甲基化，Beacon Designer^TM援手设计用于MethyLight检测的引物和TaqMan? probes。MethyLight是一种用于分辨甲基化和非甲基化DNA的高通量检测步骤。使用Beacon Designer^TM，您能够通过为甲基化和非甲基化链以及未处置的DNA序列设计寡核苷酸来设计相宜的对照引物和探针。使用这些化学试剂中的肆意一种，您都能够评估预先设计/已颁布的引物或TaqMan? probes。设计了局按排名挨次汇报，为您提供可供选择的备选规划列表。凭据寡核苷酸的性质，指定等级。

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• Molecular Beacons

设计或评估用于NASBA?检测的尺度分子信标或分子信标。NASBA?是一种依赖引物的技术，可用于在一个温度下对单一混合物中的核酸进行陆续扩增。你此刻能够设计用于NASBA?检测的分子信标，用于单一模板或多沉反映。

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• Scorpions?

Beacon Designer^TM支持Scorpions?引物和探针的设计。Scorpions?分析很关键，由于它们独立于探针的酶切割。引物和探针元件在反映过程中物理耦合。

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• FRET Probes

Beacon Designer^TM支持预先设计的FRET probes的设计和评估Ｄ芄辉贐eacon Designer^TM中设计与预先设计的SYBR? Green引物兼容的FRET probes。

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多沉实时PCR检测

使用Beacon Designer^TM，您能够设计基于TaqMan?的多沉实时PCR分析，用于多达五个序列，蕴含参考基因选择。

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Beacon Designer特点：

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SYBR? Green Primer Design

• 为SYBR? Green PCR分析设计优化的引物。

• Beacon Designer^TM通过BLAST搜索序列设计高度特异性的SYBR? Green引物，自动诠释了局，而后通过预防显著同源区域设计SYBR? Green引物。

• 设计的SYBR? Green引物可针对NCBI提供的基因组数据库进行BLAST搜索。这有助于验证SYBR? Green引物设计并可视化引物和扩增子的特异性。

• Beacon Designer^TM鉴别模板结构，而后在设计SYBR? Green引物时自动避开它们。

• 在“序列视图”窗格中以图形方式显示序列的同源区域和二级结构。此职能有助于可视化设计的寡核苷酸相对于两个区域的地位。

• 评估预先设计的引物并为给定的有义或反义引物设计兼容的引物。而后，它持续设计梦想的双象征探针，以与经过充分验证的 SYBR? Green引物一路使用。

• 对于SNP基因分型钻研，设计SYBR? Green引物，使SNP位点位于或靠近3'结尾地位。

• 使用nearest neighbor热力学算法推算SYBR? Green Primer Tm。以排序的挨次出现设计了局。

• 筛选SYBR? Green primers的热力学个性和二级结构。

• 预防与全数其他引物同源，以削减多沉反映中的引物二聚体。

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TaqMan? Probe设计

• 设计不含二聚体、沉复和运行的梦想TaqMan? probes，以确保信号保真度。

• 设计用于SNP基因分型分析的SNP鉴定的野生和突变TaqMan? probes能够评估预先设计的引物组并设计兼容的TaqMan? probes。

• 同样，能够评估预先设计的TaqMan? probes并设计兼容的引物。您甚至能够导入在SYBR? Green引物设计模式中设计的引物并设计兼容的探针。

• 显示TaqMan? probes二级结构的图形视图。

• Beacon Designer^TM能够设计LNA^TM probes。LNA^TM取代的TaqMan? probes是较短的probes，并拥有赋予更高不变性的LNA^TM碱基。您能够指定您想要probes中蕴含的LNA^TM碱基数量。您还能够在probes的每一端指定它们的地位和LNA自由区域，以设计LNA^TM spiked TaqMan? probes。

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多沉实时PCR分析设计

• Beacon Designer^TM使用专有算法为单管多沉检测设计梦想引物probe sets。

• TaqMan?设计模式支持多沉检测。您至多能够复用五个序列。

• 支持尺度化的参考基因或管家基因。

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HRMA Primer设计

• 设计突变侧翼HRMA引物，使它们产生尽可能短的扩增子，用于突变检测。

• 该法式鉴别模板结构，而后在设计HRMA引物时自动避开它们，从而提高PCR效能。

• Beacon Designer^TM查抄设计引物的Tm、GC%和其他参数。只汇报满足高分辨率熔解分析全数参数的引物。

• Beacon Designer^TM显示野生和突变扩增子的序列个性以及它们的解链温度。

• 有助于验证引物BLAST设计的引物的特异性。

• 评估预先设计的经过验证的引物，并为给定的有义或反义HRMA引物设计兼容的引物。

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MethyLight TaqMan?设计

• Beacon Designer^TM凭据Gardiner-Garden和Frommer指南预测CpG islands。您还能够在序列中手动指定CpG区域。CpG islands在序列视图选项卡中以绿色显示，富含GC的区域以红色显示。

• Beacon Designer^TM为指定的CpG islands设计TaqMan? probes和甲基敏感PCR引物。您还可以为未甲基化和未处置的DNA序列设计相宜的对照引物和探针，用于MethyLight检测。

• Beacon Designer^TM设计的引物和TaqMan? probes拥有高度特异性，由于它们的设计预防了通过自动诠释BLAST搜索了局识此外显著交叉同源区域Ｄ芄黄揪萃骋恍曰騟值或两者过滤要预防的同源区域，e值的默认值为0，统一性的默认值为100。

• MethyLight分析蕴含亚硫酸氢钠处置基因组DNA，而后进行碱处置。当提供基因序列时，Beacon Designer^TM会显示相应的亚硫酸氢盐处置链。

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Molecular Beacon设计

• 自动选择适当长度的杆以获得梦想信标Tm。

• 设计没有二聚体、沉复和运行的信标，以提高信号强度。

• 查抄分子信标与全数引物的交叉同源性，预防多沉反映中的竞争。

• 设计用于检测野生和突变等位基因的分子信标。

• 能够评估预先设计的引物组或构建用于预先设计的分子探针的引物。类似地，能够评估预先设计的信标或可以为预先设计的引物组设计信标。这有助于使用SYBR? Green引物进行信标检测。

• 以图形方式显示设计的信标及其属性。

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NASBA?分析设计

• Beacon Designer^TM可以为NASBA?分析设计分子信标，用于单模板、多沉或SNP基因分型分析。

• Beacon Designer^TM评估用于NASBA?检测的预先设计的引物和探针。在评估引物时，Beacon Designer^TM会在必要时自动将purine tag增长到P1引物序列中。

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FRET Probe设计

• Optimal?FRET Probe：设计不含二聚体、沉复和运行的Optimal?FRET Probe，以确保信号保真度。

• 等位基因鉴定：设计用于检测野生和突变等位基因的FRET probes。

• 评估预先设计的FRET检测：能够评估预先设计的引物组或构建预先设计的探针的引物。您甚至能够导入在SYBR? Green引物设计模式中设计的引物。

• 图形视图：以图形方式显示设计的FRET probes及其属性。

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Scorpions?设计

• Beacon Designer^TM支持Scorpions?化学，用于实时检测指标序列。

• Beacon Designer^TM设计的Scorpions?引物不含二聚体、运杏注沉复，并拥有效户指定的熔解温度领域。

• Beacon Designer^TM会自动选择相宜长度的杆以获得optimal?Scorpions? Tm。

• 您能够通过预防指标序列与基因组拥有显着的交叉同源性以及预防模板上易折叠的区域来设计特定的Scorpions?引物。

• Beacon Designer^TM以图形方式显示Scorpions?的代替结构及其属性。

• 使用Beacon Designer^TM，您还能够评估预先设计的Scorpions?检测。

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预防交叉同源性——针对特定的寡核苷酸设计

• Beacon Designer^TM诠释BLAST搜索了局并避开与数据库序列拥有显着同源性的区域。

• 在“序列视图”窗格中以图形方式显示序列的同源区域，以援手可视化引物和探针相对于它们的地位。

• 寡核苷酸与靶标以表的序列区域结合会导致谬误启动和假阳性信号。

• 建议您在执行引物-探针搜索之前运行BLAST搜索以提高其效能。

• 您能够选择要进行BLAST搜索的基因组类别、匹配的E值（默认设置为10）、是否要对查问序列利用过滤器（以屏蔽沉复和低复杂度区域）以及输出汇报的体式。

• 在设计寡核苷酸时要预防的同源区域能够凭据汇报的射中的身份或e值或两者来选择。

• 您能够针对基因组对引物/探针或扩增子进行BLAST搜索，以验证设计的特异性。

• 对于处置机密数据或没有急剧互联网衔接的钻研人员，Beacon Designer^TM能够诠释来自本地数据库的BLAST了局。

• 您能够使用NCBI的WWW Standalone BLAST工具在装有Unix/Mac OS X的服务器上装置本地自界说数据库。

• 您还能够在自己的机械上设置本地序列/基因组数据库。此选项显示为“Desktop BLAST”。Desktop BLAST易于配置和使用。

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预防模板结构—提高引物效能

• 由于在延长温度下存在模板结构，引物延长可能会受到故障。

• 为了预防模板可能自行折叠的全数此类区域，Beacon Designer^TM会进行模板结构搜索。

• 您还能够指定要折叠模板的温度。

• 了局会被自动诠释，并且在设计引物时会避开这些区域。

• 模板结构以图形方式显示在“序列视图”窗格中，以援手进行视觉查抄。涉及的碱基用橙色下划线。

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寡核苷酸评级

• Beacon Designer^TM凭据其设计的全数引物和探针与为引物和探针搜索指定的指标值的匹配水平来评估它们。

• 您可以为每个参数指定一个容差领域。Beacon Designer^TM不汇报超出此尺度的寡核苷酸。

• 当Beacon Designer^TM找到全数参数都切合指定值的寡核苷酸时，它的评分为100。若是全数参数都在其公差领域内，则寡核苷酸等级为0。

• 评级是一个质量指标，在其利用中是主观的。然而，这并不料味着评级较高的寡核苷酸总是优于评级较低的寡核苷酸，或者始终不应选择评级较差的寡核苷酸。

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系统要求：

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对于Windows	必要	推荐
CPU	Pentium IV 1.80 GHz	Intel Core i3 (3rd Gen)
RAM	1GB可用RAM	2GB或更高的可用RAM
硬盘空间	500MB可用硬盘	1GB可用硬盘
屏幕分辨率	800×600	1024×768

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Windows支持的平台：XP/Vista/Windows 7/Windows 8/Windows 10

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【英文介绍】

Design Specific and Efficient Oligos for All Major qPCR Assays

Design successful SYBR Green, TaqMan, HRMA Primers, MethyLight TaqMan, LNA spiked TaqMan, molecular beacons for both standard and NASBA assays, Scorpions and FRET assays by automatically interpreting BLAST results and avoiding template structures.

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Automate Your Real Time PCR Primer and Probe Design

Beacon Designer automates the design of real time primers and probes. It is used by molecular biologists worldwide to design successful real time PCR assays. It saves the time and the money involved in failed experiments. Beacon Designer is a flexible solution to your real time primer and probe design needs and pays for itself many times over.?

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Specific and Efficient Design: How Beacon Designer? Makes it Possible?

You can BLAST search sequences and search for template structures from within the program. The results of both these searches are used while designing primers and probes. The regions that exhibit significant cross homologies and template structures are avoided automatically during the design.

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Design Options Available

SYBR Green Assay Design

SYBR Green is perhaps the most commonly used real time PCR chemistry. Beacon Designer designs SYBR Green PCR primers and helps you evaluate pre-designed SYBR Green PCR primer sets. You have complete control over the design parameters or you can use the default values, chosen after considerable research and communication with experts. You can even choose your own default design parameters for your specific research needs.

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In addition to locating the primer anywhere on the gene of interest, Beacon Designer can design primers across exon-exon or exon-intron junctions. These primers designed across exon intron junctions help selective amplification of cDNA from gDNA.

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HRMA Assay Design

Beacon Designer offers a comprehensive solution for mutation detection. High Resolution Melting Analysis (HRMA) is a more cost-effective method than probe-based genotyping analysis. The program employs proprietary algorithms that enables designing the best primers for detecting mutations.

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High Resolution Melting Analysis primers are designed flanking a mutation of interest to generate the shortest possible amplicons with detectable melting temperature variation. The primers are designed avoiding template secondary structures, assuring efficient primer extension. The HRMA primers designed can be BLAST searched against nucleotide databases at NCBI to check their specificity. Pre-designed or published primers can also be analyzed.

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Dual Labeled Probe Design

Beacon Designer currently supports four probe based chemistries:

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• TaqMan Probes

Use Beacon Designer for optimal TaqMan probes that help you study the differential gene expression or study SNP (single nucleotide polymorphisms) using TaqMan SNP genotyping assays. You can also choose to design the increasingly popular Locked Nucleic Acid (LNA) substituted TaqMan probes, which are more stable than standard TaqMan probes. To study DNA methylation, Beacon Designer helps design primers and TaqMan probes for MethyLight assays. MethyLight is a high throughput assay used to discriminate between methylated and unmethylated DNA. Using Beacon Designer, you can design suitable control primers and probes by designing oligos for the methylated and the unmethylated strands, and for the untreated DNA sequence. With any of these chemistries, you could evaluate a pre-designed/published primers or TaqMan probes. The design results are reported in a ranked order, giving you a list of alternates to choose from. Depending on the oligo properties, a rating is assigned. Please read the Rating section in the online help for details.

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• Molecular Beacons

Design or evaluate standard molecular beacons or molecular beacons for NASBA assays. NASBA is a primer-dependent technology that can be used for the continuous amplification of nucleic acids in a single mixture at one temperature. You can now design molecular beacons for NASBA assays for single template or multiplex reactions.

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• Scorpions

Beacon Designer supports the design of Scorpions primers and probes. Scorpions assays are important in that they are independent of the enzymatic cleavage of the probe. The primer and probe element are physically coupled during the reaction. Read more about the Scorpions technology.

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• FRET Probes

Beacon Designer supports design and evaluation of pre-designed FRET probes. FRET probes that are compatible with pre-designed SYBR Green primers can be designed in Beacon Designer.

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Multiplex Real Time PCR Assays

With Beacon Designer you can design TaqMan based multiplex real time PCR assays for upto five sequences including reference gene selection.