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PCR引物和探针设计软件Beacon Designer?的问题解答

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Beacon Designer? 若何在不使用浏览器的情况下从互联网接见序列?它必要浏览器吗?

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答:Beacon Designer? 以编程方式衔接到Entrez以下载所需的序列 。它不必要浏览器 。然而,Beacon Designer? 当您选择“查看”>“序列具体信息”时,将启动浏览器以显示序列具体信息 。

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为什么当我评估引物/探针组时,即便发加注二聚体等的dG值还能够,法式对其的评价也很差 。即便我输入了法式之前发现并评价优良的引物/探针集,情况也是如此?

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答:评级决定了相对于每个参数指定的公差极 限,设计的寡聚物在多大水平上满足搜索参数 。若是所有参数都处于其梦想指标值,则评级为100 。另一方面,若是所有参数都刚益处于其公差极 限,则评级将为0 。因而,给定探针的评级取决于两个成分:

1.探针与每个参数的指标值的靠近水平以及

2.划定公差的严格水平 。选择法式中提供的默认公差来暗示典型尝试的要求 。高评级探针的大无数或所有参数都靠近其梦想值,并且很可能工作优良 。

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低额定值的探针不愿定会失效 ?赡苤档盟伎计湎喽杂谔囟ǔ⑹郧疤岬母鲂,并决定探针是否可接受,或者低评级是否是严格划定公差的假象 。请参阅在线援手的“算法和公式”部门下的“评分公式” 。

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信标设计师? 使用统计优化技术为您显示蕞佳引物探针集 。若是出于某些原因,您以为它们不切合您的钻研需要,能够从“备选”列表当选择引物和探针 。默认情况下,显示的备选引物和探针的数量为两个 。要获取更多序列,请转到“分析”>“TaqMan?”搜索,而后在“输出选项”中,将“每个序列的备用TaqMan?”的数量更改为蕞多50的肆意数字 。当您单击Alternate TaqMan?时,该列表将可用 。 。 ;虮赣玫灼 。 。 。在TaqMan?属性选项卡中 。

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在设计TaqMan?探针时,会选择蕞佳的引物探针组 。但是,在评估探针时,该法式为被评估的探针设计蕞佳引物对 。当法式设计这样一对时,指标Tm(搜索参数)是一个领域 。而在评估探针时,搜索仅?限于钻研人员设置的值 。例如,搜索指标Tm比TaqMan?(+/-2度)幼10度的引物对,而后钻研人员将不得不在Evaluate TaqMan?窗口中适当更改指标Tm,这很辣手 。这就是为什么在评估过程中汇报了分歧的引物对 。因而,在设计和评估过程中思考的参数是分歧的,并导致对统一探针的分歧评级 。

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2024-02-01 14:00
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