Diamond - 分子结构可视化软件
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· 分子结构可视化软件Diamond新版本5.0的职能论述 ? ? ? ?
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Diamond是分子和晶体结构可视化软件。它集成了多种职能,克服了晶体结构数据的工作 - 在钻研和教育以及出版物和演示中。
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Diamond不只像大无数竞争项目那样绘造分子和晶体结构的优美图片。它提供了一组宽泛的函数,让您能够凭据一组根基结构参数(单元、空间群、原子地位)轻松的对晶体结构的肆意部门进行建模。凭借其高数据容量、闯辗视天生到构建相当复杂的无机结构框架的宽泛职能,Diamond是分析和固态化学家以及表表和资料科学家的综合工具。
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Diamond职能:
下面概述了Diamond 4的新职能
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自动和批量结构图片创建:
查看新的“自动图片创建器”?看案,自动将构筑选项、图片设计和查看方向的更改直接利用于结构图片,以及作为一种形状设计规划可让您轻松转换结构图片以进行演示或颁布的工作表。
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自动图片创建器
“自动图片创建器”?看翱谠毯返墓怪规划的全数选项,以及您从“图片创建副手”中相识的图片设计和查看方向的设置。启用后,结构图片会自动反映您在“自动图片创建器”窗口中所做的全数更改—这意味着某种“自动利用”构筑规划。例如,当您更改xmin...zmax天堑时,单元格领域(或包装图)会自动增长/削减(并且其他分子会出现或隐没)。
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自动图片创建器分为三类:“图片构筑”(能够选择构筑规划或Diamond建议的构筑)、“图片设计”(能够选择设计规划)和“图片查看”(其中您选择投影和旁观方向)。
把稳:若是您更喜欢手动构建结构图片—Auto Picture Creator是可选的并且能够关关—您也能够接见您从Diamond 3及更早版本中相识的(手动)构建职能。
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设计规划的界说和利用
一个共同的需要是对分歧主张的结构图片使用分歧的设计,例如深色布景的屏幕演示、白色布景的彩色打印输出或出版物的是非草图。出于这些主张,您能够从一组预约义的设计规划中进行选择,或者从当前设置中界说一个新规划以供以来利用。(您能够将其与文字处置器中的“形状表”进行比力。)因而您无需一次又一次的更改结构图片中的原子和键色彩等。
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加强的自动结构图片创建
默认情况下,Diamond会自动为新的(导入的)结构创建结构图片。相对于Diamond 3中已有的自动创建职能得到了加强,并以更好的方式思考了结构的化学性质和单个原子环境(分子结构与典型的无机结构)。您能够关关此自动图片创建或使用单独定造的构筑规划—或使用“自动图例创建器”。
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改进的构建规划
构建规划(在Diamond 3中称为“自动构建”)已得到加强,以反映支持非键接触和氢键界说的新职能以及新的包装和分子簇创建职能。(“图片创建副手”的相应页也反映了这些扩大。)此刻也能够以“立即利用”的方式运行构建规划(稍作更改并重新起头沉新创建图片),因而您能够更好的履历您的结构。
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提逾越产力:
相识Diamond 4中的新工作模式,在索求晶体或分析结构期间更直观的旋转、移动或缩放的“抓取模式”,原子周围原子和分子的“相邻预览”(键、分析)在鼠标光标下,有几个选项能够使用鼠标滚轮来扭转属性(放大系数、放大/缩幼、扭转原子半径)或扭转周围环境(发展分子簇等)(“鼠标滚轮”)。
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拥有直观旋转、移动和缩放的新模式
有一种新的(除了此刻所说的“选择模式”之表)工作模式,即“抓取模式”,通过鼠标左键抓取原子,向右移动结构,您能够旋转或移动结构图片按下鼠标按钮,或使用鼠标滚轮更改放大系数。这样做,您依然能够选择对象。(单击对象时按住Ctrl或Shift键)。因而,您无需在正常选择模式和分歧跟踪模式之一之间切换,例如“沿x/y轴移动/旋转“等。
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相邻预览
您能够使用鼠标滚轮按钮激活鼠标下原子左近的原子和键(分析、多面体等)的(半通明)预览。使用鼠标滚轮增长或削减预览搜索领域。再次单击滚轮按钮以将预览带入图片。
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使用鼠标滚轮单独编纂属性或周围环境
除了上面提到的相邻预览之表,还有几个职能能够通过鼠标滚轮按钮启动并通过鼠标滚轮更改设置:
-更改放大系数
-放大/缩幼或扭转透视印象
-扭转原子半径或厚键管的半径
-查找与相邻原子或分子的联系
-从一个或一些分子扩大到更大的相邻分子簇
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改进的键合球评估(衔接性)
键长表和均匀原子间距离表以及有效半径表已得到改进,以便为导入的结构获得更高的预约义键合群。除此之表,您能够使用原子位点环境钻研的了局作为键合球的基础。
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将原子环境单独界说到原子位点
您能够单独界说每个位点的原子环境,由于键合球体的步骤可能过于不正确,并且没有思考某个原子组的分歧位点。原子位点环境能够从它们的Voronoi多面体的推算中得出。在好多利用(协调)球体或搜索键的结构图片构建号令中,“原子环境”可作为附加选项使用。
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更快的结构图片绘造和抗锯齿
结构图片绘造已经通过调整顶点的数量来加快,以凭据幼我情况构建一个大或幼的原子碗等。在您的结构旋转等期间,顶点分辨率能够另表(并且可选的)被切换。另一方面,抗锯齿可用于削减锯齿线条状。
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改进的对象选择
占有蕴含大量原子和键以及其他对象(如标签、原子向量等)的结构图片。通过在结构图片中单击某个对象来捉拿某个对象可能会成为一项艰巨的工作。此刻,Diamond提供了一个选择过滤器,例如能够单击键下的向量。除了正常的选择模式,Diamond还提供加法和减法选择。因而,当[取缔]选择结构图片中的好多对象时,您无需按钮Ctrl或Shift键。
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分子和聚合物的扩大职能:
概述创建堆积图 (细胞领域、球体、平板或分子切片)的几个选项,关于非键接触点的支持和H 键的改进处置。并且还有一些新职能能够利用于大分子或有机和无机聚合物(分子簇的扩大,聚合物骨架的成长或切割,泵送无机框架)。
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新的多面体职能:
每个原子位点 的“原子环境”都作为新的可选尺度来界说配位多面体的原子(或配位球)。构建拥有相当复杂几何状态的多面体将有多种职能,例如从原子或键机关,在统一地位的原子之间单击、复造和粘贴多面体来组合或割裂多面面子。
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搜索结构数据:
阅读有关接见晶体结构数据库COD(“晶体学盛开数据库”),蕴含(其中蕴含)AMCSD以及来自IUCr期刊的CIF文件。
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改进的用户界面:
查看允许更好地集成和关联分歧视图(结构图片、表格、粉末图案等)的新的或改进的用户界面元素。
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更好地集成文档的分歧视图
在 Diamond 3 中,您有分歧的视图类型:结构图片编纂、结构图片缩略图调查、粉末图案、距离和角度表以及结构数据集表。在 Diamond 4 中,您此刻能够在编纂结构图片时与结构表和其他图片的缩略图并排查看数据表或距离表或粉末图案。

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更多新职能:
动画POV-Ray图片或POV-Ray图片中的视频序列,支持无序部门,改进混合站点暗示,将3D场景导出为OBJ和STL体式。(用户界说的对称性和对称元素的可视化、 键合价以及使用德拜公式推算粉末图案,在 4.7 或更高版本中进行幼更新。)
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系统要求:
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Windows XP、Vista、Windows 7、8/8.1或10或11
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具佑装x86”指令集的Intel或AMD(或兼容)处置器
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1 GB RAM(或更多)
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3.8 GB 可用磁盘空间(装置过程中为6GB,用于解压Crystallography Open Database))
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DVD 驱动器(用于从 DVD 装置)
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图形分辨率:1024 x 768像素,拥有32,768色(“高彩”)或更高(推荐1280×800像素或更高)
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与微软兼容的鼠标
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