Diamond 软件操作教程:利用“复造形状”与“粘贴形状”为有机衔接体着色
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Diamond 支持通过“编纂”菜单中的“复造形状”选项保留分歧对象的形状,并使用“粘贴形状”选项将其利用于多个其他对象。本文将演示若何为特定分子片段中的所有原子及其衔接键着色,以凸起金属-有机框架(MOF)中的有机衔接体,本示例以对苯二甲酸为例。
把稳:?此编纂需 Diamond 版本 5.1 或更高版本。
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示例文件可在以下地位下载获。
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1.打开文件?COD-1516287-MOF-5-280-K-2.diamdoc。
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2.在结构图片中定位一个对苯二甲酸片段,作为复造形状的起源。该片段蕴含 8 个碳原子(Diamond 默认使用浅灰色)、4 个氢原子(默认白色)和 4 个氧原子(默认红色),16 条键默以为黄色。为了更好拔取单个对苯二甲酸单元,此处已将视图从 001 投影(沿 c 轴观察)沿 y 轴旋转 45 度。
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3.选中该对苯二甲酸单元的 16 个原子。直接的方式是使用矩形选择工具,即在该片段某个原子左近按住鼠标左键,拉出一个覆盖该片段所有原子和键的矩形框。
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或?可逐一点击选择原子(按住 Ctrl 键),而后使用 Diamond 5.1 版本新增的选项“选择片段中的原子”(位于“编纂 → 扩大选择”子菜单中)。
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4.执行选项?显示 → 原子设计。Diamond 会提醒选择编纂这 16 个原子的设计,还是编纂原子组和位点的设计。此处选择编纂(这 16 个)选定原子的(个别)设计。
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5.在“原子设计”对话框中,将填充色彩(该按钮显示为不定状态,由于 16 个原子使用分歧的填充色)更改为天蓝色,确认后点击“确定”。
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或?对 16 条键执行一样编纂:使用?显示 → 键和接触设计(提醒时选择“16 条键”),将键的填充色彩也改为天蓝色。
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6.此时 16 个选定原子和 16 条键均为天蓝色。执行?编纂 → 复造形状;岬鲆桓鲇状翱,提醒已存储一种原子设计和一种键设计(供“粘贴形状”使用)。
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7.使用新选项?编纂 → 扩大选择 → 选择对称有关,将图片中与当前选定对象对称有关的所有其他对苯二甲酸单元的原子和键象征为选中状态。
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8.执行?编纂 → 粘贴形状,将图片中所有对苯二甲酸单元的所有碳、氢、氧原子及其键均变为天蓝色。另一弹出窗口会提醒哪些对象(此处为原子和键)以及有几多个对象的形状已更改。
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9.点击图片肆意地位(或通过?编纂 → 取缔选择),移除所有选择象征。无机结构单元中心的氧原子维持红色,多面体也维持原样不变。
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