CodonCode Aligner蕴含以下职能：

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导入和导出

• 导入ABI、AB1或SCF体式的序列色谱图;导入FASTA、FASTQ、Sam、GenBank或EMBL体式的文本文件
• 导入样本子集（例如，每n个样本，或仅与项目当选定序列匹配的样本）
• 创建新的文本序列并按登录号从GenBank导入
• 将序劣注共识序劣注比对、蛋白质翻译导出到SCF、FASTA、FASTQ、NEXUS/PAUP或Phylip

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序列编纂和建剪

• 手动编纂序列和沉叠群，蕴含删除到样本或沉叠群结尾和沉叠群拆分
• 自动编纂工具：挪用或删除歧义、匹配共识、将低质量碱基转换为N、裁撤自动编纂
• 使用工具栏按钮或键盘快捷键进行急剧导航;用户可界说的感兴致区域
• 端夹用于删除低质量序列;去除病媒传染

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序列组装

• 使用部门、端到端或大间隙（cDNA到基因组）算法组装片段
• 正确、高质量的基于共识序列，蕞大限度地削减了手动编纂的必要
• 按名称组装，为很多克隆或标本构建单独的沉叠群
• 与Phrap组装

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序列比对

• 与参考序列对齐;将cDNA与基因组DNA比对
• 创建Bowtie2对齐并显示双端读取
• 构建“沉叠群的沉叠群”：使用MUSCLE或Clustal将沉叠群相互对齐
• 双击从沉叠群对齐返回到原始迹线
• 编纂序列轨迹、沉叠群视图或沉叠群的对齐方式，同时维持数据一致性

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序列转换

• 显示每个序列的蛋白质翻译
• 在显示氨基酸和碱基之间来回切换
• 查看基于翻译的布景致彩
• 显示注解编码区域的共识序列的蛋白质翻译

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吉布森组件

• 拥有多达15个片段的虚构Gisbon组件
• 自动遴选克隆引物
• 手动编纂引物以插入垫片或调整阅读框
• 在尝试过程中直接导出引物。

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限度克隆

• 仿照限度克隆作为
• 查看圆形和线性序列图
• 轻松找到矢量和插入物的匹配悬垂
• 通过查看阅读框架来验证克隆

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限杜壮射

• 使用限度性内切酶的肆意组合构建限度性图谱
• 按鉴别部位大幼、悬垂、切割频率、造作商选择
• 以单线或多线地图、文本或虚构凝胶的大局查看
• 通过单击限度图来选择限度片段进行复造

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RFLP分析

• 自动鉴别产生分歧凝胶泳路的限度性内切酶
• 比力沉叠群中样品的切割位点
• 查看并打印预期的虚构凝胶、每种酶的片段长度或与切割位点对齐的样品

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引物设计

• 设计PCR和测序引物
• 在固定地位创建用于克隆的PCR引物
• 引物在模板序列中凸起显示，以便于鉴别
• 每个引物都能够导入到您的项目中，并附有具体的引物信息
• 导出引物以供订购

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系统发育树

• 为沉叠群构建邻接树
• 为选定的碱基构建树，仅按特定区域的差距对样本进行排序
• 按树宰割沉叠群

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突变查抄与分析

• 挪用序列迹线中的次级峰
• 活络地查抄组装或对齐沉叠群中的杂合SNP
• 查看和导出突变的氨基酸水平效应
• 正确、活络地查抄杂合子插入和缺失
• 将杂合子插入缺失割裂成更短和更长的假等位基因
• 减去野生型痕迹以揭示突变的等位基因

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差距表

• 使用差距表发现沉叠群中的差距
• 通过单击差距表中的单元格来验证差距，以导航到沉叠群中的差距
• 通过查看差距表的精简版本，大体相识所有差距
• 使用过滤器仅查看您感兴致的差距
• 导出差距

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定造

• 通过核苷酸、序列质量或氨基酸翻译的色基
• 暗藏与共识序列匹配的碱基
• 选择工具栏按钮和按钮形状
• 通过宽泛的选项微调设置
• 锁定、保留或加载选项文件
• 使用剧本自动执行沉复性工作

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甲基化分析

• 凭据ABI数据分析亚硫酸氢盐建饰、PCR和毛细管测序后胞嘧啶的甲基化
• 查看“原始”ABI跟踪数据
• 甲基化分析使用原始痕量数据，从而预防痕量“归一化”产生的伪影
• 获取单个序列的甲基化了局以及沉叠群碱基的观察领域

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