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正式颁布!具体介绍CrystalMaker 11新版性子能

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CrystalMaker是可视化晶体和分子结构的一种有效步骤。它的交互式设计能够让你“以木见木”,并成立你自己对复杂资料的视觉理解。CrystalMaker超过了传统的晶体学软件,让您能够通过可旋转的动画创建动态可视化。能量建模工具能够让你设计和放松新的结构,预测它们的振动个性,并索求它们若何与其他资料相互作用。

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CrystalMaker提供了一个效能高的工作流程:只需将您的数据文件拖放到法式中,即能够壮观的照片真切的色彩即时显示。使用鼠标实时执行,多视图“书签”和裁撤级别激励索求和发现,是讲授和钻研的梦想选择。

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综合数据导入和导出

固然内置的库很适合讲授,但钻研人员会但愿将自己的数据可视化——他们能够!CrystalMaker X允许您从约莫45种分歧的体式导入数据:拥有即时显示和壮大的自界说职能。CrystalMaker能够处置蕴含DL_POLY HISTORY等多结构文件的问题-使用CrystalMaker的同步和动画职能急剧相识结构行为、晶格动力学或可视化仿照的轨迹。CrystalMaker X还能够处置真正规模大的结构。利用软件怪异的“深度剖面”工具,急剧扫描块状结构中感兴致的区域,很适合表征推算机模型的了局。

一系列输出选项可用于与其他法式共享数据、保留结构数据、衔接距离、协调环境,以及使用您的数据构建网页。

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急剧构建新的晶体和分子!

使用CrystalMaker,您能够急剧轻松地构建任一类型的晶体或分子结构。内置的对称处置和优雅的空间组浏览器省去告终晶学的麻烦,该法式将自动天生所有的键和多面体。分子构建更容易:点击增长原子和键。使用新的“松弛”指令能够大幅度地削减能量并优化结构。

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CrystalMaker提供了宽泛的模型类型,蕴含传统的“球和棒”、空间填充、多面体、线框和热椭球体。每种型号都能够宽泛定造,能够选择照片真切的图形或更单一的线条艺术显示。CrystalMaker允许对数百万个原子、键和多面体进行陆续的画图领域设置。

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杰出的3D图形

CrystalMaker X拥有业界领?先的3D图形职能,可实现壮观且急剧的像素完?美可视化,并拥有完?美的沉叠校对和半通明了局。在新的Mac或Surface Pro设备上享受高分辨率的“Retina”图形。保留出版物质量的图形-拥有通明度-或天生旋转结构或动画的引人入胜的视频。

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左上角:将分歧的多面体形状利用于统一晶体中的分歧原子。右上角:原子矢量。

左下角:拥有曲面的凹多面体。右下角:半通明多面体拐角处的椭球体。

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实时执行

使用鼠标、键盘或工具栏单击并拖动。平行于矢量或平面法线的视图。使用触控板进行多点触摸旋转和缩放,或使用内置FaceTime相机(Mac)或可选的Leap Motion Controller(Windows)视频在太空中进行单一手势。CrystalMaker for Mac作为一款真正的原生Mac利用法式,为2016-2022年的MacBook Pro建设了专用触摸条界面:使用专用触摸拨盘、方向预设和滑块进行旋转和缩放。

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CrystalMaker中提供的很多触摸条界面中的一些。从上看:默认布局;转盘;结构洗涤器;原子选择器。

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多结构动画

CrystalMaker是一个超过静态结构的法式,能够让您急剧轻松地索求结构行为。只需将文件拖放到统一窗口中,而后沉新分列它们的缩略图即可构建电影功夫线。执行和同步视图,拖放缩略图以沉新分列它们,而后单击“播放”按钮并可视化动画。它还不止于此:CrystalMaker X允许您旋转和缩放动画,更改其模型类型、视图方向和模型设置。也能够使用“播放节造”在动画序列钟装拖动”:这是急剧浏览仿照轨迹的梦想方式。并且您能够将动画导出为电影,以便在网络或演示视频中使用。

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亮氨酸结构中六元环的弛豫

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创建引人入胜的教育内容

CrystalMaker文档能够保留多个结构,每个结构都有自己的图形缩略图。固然一个利用法式是用于结构行为和动画,但您也能够保留统一结构、分歧模型类型、原子领域或有关结构的分歧视图。由于每个结构都能够有自己的笔记,这是一个梦想的教育工具——一个齐全的交互式幻灯片,带有可旋转的3D模型,在高低文中出现?纬讨性毯巳艉喂菇ㄒ巳胧さ慕逃谌莸氖纠ɡ,“Building Quartz”、“Building Spinel”)。

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一个多结构文档窗口在左侧显示模型结构列表(紧凑的“列表视图”),在右侧显示当前模型及其注解。

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体积数据可视化

CrystalMaker允许您将肆意数量的3D数据集与当前结构相结合,每个数据集都有自己的视觉设置。您能够可视化从文本文件导入的数据,或在电子密度或孔隙率推算中在法式中天生的数据。

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左上角:SmB6的电荷密度可视化。半通明密度覆盖层的一部门被切掉,以揭示下面的晶体结构。

右上角:仿照苯甲酸并投影到(001)平面上的电子密度。

左下角:铜结构中孔隙度的可视化。右下角:从高斯立方体文件导入的电荷密度,描述为梯度等值面。

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壮大的丈量

CrystalMaker提供易于使用的屏幕工具,用于丈量协调环境-键合距离、角度、旋转角-只需点击鼠标,或滚动分歧的原子和键即可实时输出视频。您还能够通过实时半径调整可视化配位簇和壳层,例如,只需单击鼠标即可构建球形纳?米颗粒视频。

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屏幕上提供了具体的粘合距离和角度信息,也能够导出到文本文件中。壮大的Distance Explorer使您能够图形化地可视化协调环境,蕴含元素或站点的任一组合。您还能够可视化x射线或中子对散布函数,能够选择查看选定元素对的“部门”对散布函数。

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Distance Explorer窗口显示非晶二氧化硅中硅原子周围的距离密度。

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推算的非晶二氧化硅的中子对散布函数。

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全晶体能量建模

固然早期版本的CrystalMaker为分子结构提供了几何优化(“弛豫”)和根基能量推算,但CrystalMaker 11拥有更壮大的晶体能量建模引擎。

其主题是一个重大的参数化势库。该法式使用智能选择尺度,基于现有的结合尺度和原子环境的具体知识。能量蕞幼化使用了一种新的混合蒙特卡罗和蕞幼二乘技术,允许实时弛豫,蕴含表表弛豫。

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CrystalMaker 11的松弛钙钛矿结构

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Phonons资源治理器

CrystalMaker 11能够推算晶体的振动模式,蕴含色散曲线和结构动画。晶格波,或称“声子”,能够对倒数空间中的任一点进行可视化。您能够在倒数空间中指定两个点,并显示相应的离散曲线;只需点击色散曲线上的一个点,即可界说波矢量并可视化其振动模式。

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岩盐结构中光学声子模式的可视化。

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仿照温度和压力

使用“仿照温度和压力”指令能够仿照温度和(可。┭沽Φ挠跋。CrystalMaker将使用您指定的温度/压力,使用恒定体积(“NVT”)或恒定压力(“NPT”)运行蒙特卡罗仿照。该结构(梦想情况下是一个超等单元)实时更新,并绘造能量值。

除了提供结构变动的交互式可视化表,该指令还提供了一种有效的步骤来打乱正本梦想的资料的挨次,例如,为后续的建模推算提供“无定形”结构。

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1000 K下岩盐的蒙特卡罗仿照。

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物理和热力学性质

作为其能量建模的一部门,CrystalMaker能够推算晶体的态密度。这能够被可视化为显示分歧振动频率的相对总体的直方图;⊥扑阋仓С治锢砗腿攘ρ灾实脑げ猓

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分子建模与振动模式

CrystalMaker占有一个壮大而怪异的能量建模引擎,能够将粗糙的手绘分子结构转化为能量很低的三维结构。实时可视化放松——能够在模型放松时旋转它。这项工作是与英国科学家合作的一个为期三年的钻研项主张热潮。我们相信它为您提供了很实用的分子建模解决规划,成本仅为竞争敌手产品的一幼部门。

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乙烯中振动模式的可视化。左侧列出了所有允许的模式(蕴含6种零频平移模式)。所选模式为动画模式,用户可调整振幅、速度和质量(帧数)D芄皇褂梅制绲哪P屠嘈停ɡ,切换到粘贴视图或空间填充)旋转、缩放和查看动画模型。当前模式在屏幕底部推算的红表光谱中高亮显示。

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分子晶体工具

当处置复杂的分子晶体时,我们让你“以木见木”的咒语尤其贴切。通常,除了不合称单元(一路头是包装)之表,还有更多的器材要看,其他法式也在与单元边缘的碎片分子作奋斗。

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CrystalMaker的专用工具能够让你揭示一个单元细胞的齐全内容,分离单个分子或显示不合称单元。你能够建改“碎片化”的分子,沿着原子很近的邻居“扩大”画图领域,并从复杂性中获自得义视频。

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此刻,您还能够显示分子晶体中任一选定分子的短非键合触点(“缜密触点”)。只需在感兴致的分子当选择一个原子,而后选择“选择>显示亲昵接触”指令。任一缜密接触都显示为所选分子中的原子与相邻分子之间的二次键。

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包装资源治理器

CrystalMaker 11是设计新晶体结构的工具。全新的Packing Explorer能够将分子转化为晶体,完?全节造对称性、细胞参数、分子取向和定位,并可选择实时显示亲昵接触者。

新的工具条提供了用于实时旋转、定位、丈量和缩放的工具。新的查抄员以动画披露组为特色,实时更新包装效能和密度。

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使用Packing Explorer将分子封装到晶体中。在调整晶胞参数之前,将空间组设置为P1,旋转并移动分子。显示了所得晶体中主题分子的缜密接触距离。

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转化与晶体工程

CrystalMaker允许您变换晶胞、更改晶格类型、构建超晶胞、移动原点或利用肆意矩阵变换。也能够将单元单元投影到选定的晶格平面上,以创建“表表单元”。与传统软件分歧,CrystalMaker拥有优雅、易于使用的界面,并提供常见的预设选项。没有疾苦的水晶术!

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CrystalMaker的选择工具允许您移动、分离、复造、暗藏和删除原子组。暗藏或建改分子片段-分离单个分子。在职一方向上显示晶格平面;将晶体切片以钻研表表或内部平面,并将一个结构或分子放在另一个内部。CrystalMaker的实时晶体工程工具能够让你在晶格中插入空间,在晶体中搁置新的原子或整个分子,并设计新的晶格。

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左图:两个硅晶体之间的界面:111畴和110畴。右图:将两个分歧的结构组合在统一窗口中,以比力它们的比例。

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3D打印和模型导出

CrystalMaker允许您通过STL 3D文件导出选项(大无数3D打印机宽泛支持)打印结构的3D模型。也能够将任一结构导出为独立的COLLADA 3D文件:很适合与三维图形软件互换。更好的是,您能够在iPad上查看CrystalMaker COLLADA文件!只需将您的文件放入iBooks Author(从Mac利用商店免费下载),而后颁布到您的iPad上。

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衍射支架

由于1xBETCrystalDiffract(粉末衍射)和SingleCrystal(X射线、中子和TEM单晶衍射)法式,只需一个菜单指令,就能够仿照任一显示的晶体结构的衍射图案。SingleCrystal能够与CrystalMaker链接,因而当您旋转结构时,其衍射图案会旋转,反之亦然。视频。一种新的“实时粉末衍射”模式允许您在CrystalMaker中编纂结构,并在CrystalDiffract中实时查看其相应的粉末衍射图案更新。

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CrystalMaker办公室:在CrystalMaker 11中可视化沸石结构(左),

其粉末衍射显示在CrystalDiffract 7中(右上),电子衍射图显示在SingleCrystal 5中(右下)。

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蕴含水晶!

CrystalMaker蕴含CrystalViewer,提供约1400种晶体和分子结构的专门策动集中,蕴含索引、注解和即时显示。

CrystalViewer还蕴含丰硕的讲授资源,蕴含动画晶体化学之旅,涵盖从缜密堆积的金属到单一离子化合物、硅酸盐,再到金属有?机框架(MOFs)等“混合伙料”的结构类型。

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使用CrystalViewer的动画讲授库进建晶体化学。

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跨平台-执行切当

CrystalViewer有两个独立的版本,合用于64位Windows或64位macOS。Mac和Windows版本共享一样的二进造文档体式和类似的职能集,使跨平台工作和合作变得容易。每一个版本都是为其各自的系统重新起头设计的,提供真正的系统支持和机能。

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2024-01-03 10:00
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