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DNASTAR Lasergene 18.1基因组学套件升级:加强变异分析、蛋白质建模与工作流

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DNASTAR?Lasergene 18.1 引入了基因组学、分子生物学和蛋白质分析领域的壮大新职能 ,并对整个套件的可用性和机能进行了改进。此版本提供了基于GATK的新工作流以扩大变异验测职能、SeqMan Ultra中的多样本Sanger组装、选取Boltz-2模型的新一代蛋白质相互作用建模、先进的异构体分析 ,以及SeqBuilder Pro中对本地数据库BLAST的新支持。这些加强职能共同为钻研人员在分析的每个阶段提供了更高的正确性、速度和信心。

  • 变异分析
  • 长读长与RNA分析
  • 基因组可视化与变异索求
  • Sanger组装
  • 蛋白质结构与相互作用
  • 数据库与搜索
  • 工作流接见与实用工具
  • 其他加强职能

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变异分析

通过Lasergene Genomics中的行业尺度工具和新可视化职能 ,获得对生殖系和体细胞变异的更深刻洞察。

  • 利用GATK的HaplotypeCaller进行高质量的生殖系变异发现。
  • 使用GATK的Mutect2体细胞变异验测工具分析配对肿 瘤/正;蚪鲋 瘤数据集。
  • 利用新的gnomAD VCF过滤职能加强仅肿 瘤分析。
  • 在GenVision Pro中使用新的"分析"视图比力多个配对肿 瘤-正常尝试 ,该视图允许您并排可视化肿 瘤和正常样本的比对情况。

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长读长与RNA分析

开释Lasergene Genomics中长读长测序和RNA-Seq的壮大职能 ,以捕获异构体、转录本和结构复杂性。

  • 组装长读长RNA-Seq数据 ,实现齐全的mRNA分析。
  • 执行Iso-Seq比对和可视化 ,以改进转录本发现。
  • 在GenVision Pro中新增的专用比对轨路中索求mRNA异构体。

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基因组可视化与变异索求

借助GenVision Pro中新增的多样本支持和加强的可视化与过滤职能 ,更快地查看、解读和分享您的了局。

  • 通过新支持的每个项目顶多50幼我类表显子组以及针对大规模变异分析的扩大数据轨路可视化 ,在一个项目中分析多个样本。
  • 壮大的变异过滤职能允许您限度"变异"表格和"分析"视图轨路 ,仅显示您感兴致的变异。
  • 可按染色体过滤显示的变异 ,并可进一步使用22个预推算过滤器(蕴含Mutect2特定值 ,如GERMQ、MMQ或POPAF)来精辟了局 ,援手分辨体细胞与生殖系变异。
  • 通过加强的割裂读段显示更好地理解结构变异。
  • 将变异导出为VCF体式以供下游使用。

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Sanger组装

SeqMan Ultra此刻支持多样本Sanger组装 ,让您能够在经典的SeqMan工作流和基因组学驱动的步骤之间矫捷选择。

  • 在SeqMan Ultra中使用SeqMan算法组装多样本Sanger数据 ,其用户界面与经典的SeqMan Pro类似。
  • 或者 ,使用SeqMan NGen运行多样本Sanger组装 ,将Sanger数据比对到人类染色体 ,并可接碰头向基因组学客户的高 级变异分析工具 ,例如VAD。

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蛋白质结构与相互作用

Protean 3D此刻蕴含超急剧、正确的蛋白质相互作用建模 ,拓展了可用于结构生物学钻研的分析领域。

  • 使用新的Boltz-2模型建模蛋白质与DNA、RNA和幼分子的相互作用。Boltz-2是AlphaFold 3的开源类比模型 ,可提供急剧、正确且经济有效的了局。它能正确预测整个蛋白质复合物 ,蕴含多个蛋白质亚基、DNA结合位点和幼分子配体。

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数据库与搜索

更有效地治理和搜索您的数据 ,从而削减设置功夫 ,增长分析功夫。

  • 在SeqBuilder Pro中创建和组织序列数据库 ,以实现急剧的本地BLAST搜索 ,此职能现已参与GenVision Pro、Protean 3D、SeqMan Ultra和MegAlign Pro已有的职能中。
  • 对本地数据库执行文本搜索 ,此职能此刻在所有支持本地BLAST的利用法式中均可用。
  • 直接在SeqBuilder Pro中构建和治理用于质粒自动注解的自界说数据库。

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工作流接见与实用工具

通过加强的DNASTAR Navigator ,更轻松地导航、启动和验证工作流。

  • 通过改进的、用户敦睦的布局更快地找到相宜的利用法式。
  • 以您选择的八种说话查看工作流。
  • 直接从短读长档案库(约1000万个数据集)下载数据并自动转换为FASTQ体式。
  • 使用集成的FastQC工具急剧查抄序列质量。
  • 使用GATK VCF一致性工具比力和量化变异验测了局之间的一致性。

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其他加强职能

其他加强职能旨在简化您的履历并提高整个Lasergene套件的机能。

  • 在MegAlign Pro中 ,可凭据您选择的距离怀抱、长度或名称去除多序列比对中的异常值。
  • 在GenVision Pro中增长尝试后更快查看变异 ,由于变异数据库此刻在组装时推算。
  • 即便在GenVision Pro中缩幼视图时 ,也能更快加载和导航数据轨路。
  • 在GenVision Pro中导入与参考序列不匹配的VCF文件时会收到忠告。
  • 通过SeqBuilder Pro中新的欢迎屏幕更快地接见您的工作。
  • 在Apple Silicon上原生运行基于Java的DNASTAR利用法式 ,在现代硬件上实现无缝机能。

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2025-12-09 10:30
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