SeqMan Pro：幼规模序列组装与查看工具
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SeqMan Pro既是用于幼规模序列组装（质粒、PCR产品等）的序列组装工具，也是用于查看所有组装的工具，蕴含基于BAM比对文件的项目 。对于较大的测序项目和使用下一代数据的项目，DNASTAR的SeqMan NGen用于组装过程，而SeqMan Pro用于查看和分析实现的组装 。
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使用SeqMan Pro作为组装工具：
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- 序列组装：SeqMan Pro能够组装来自测序项主张片段数据，支持数万个片段的项目（较大的项目，蕴含人类基因组大幼，能够使用SeqMan NGen进行组装） 。
- 数据兼容性：支持多种文件体式，蕴含自动测序仪的迹数据、DNA Multi-seq（*.mseq）文件和使用454?技术的数据输出 。
- 建剪和组装：在进行建剪、组装建剪数据和天生一致性序列之前，删除不成靠的数据，如质量欠安的结尾和传染序列 。
- 组装步骤：提供两种组装步骤 - 经典组装器和组装器，每种步骤合用于分歧类型的数据和分析需要 。
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查看和编纂职能：
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- 一致性查看：提供各类显示模式，如对齐视图、战术视图、特点表、变异汇报和引物行走汇报，用于查看一致性、特点和其他组件 。
- 多样本分析：支持显示和分析多样本数据，蕴含使用SeqMan NGen组装的带MID标签的454样本 。
- 编纂和变异推算：支持编纂SeqMan Pro（.sqd）和Phrap（.ace）组装，并能够对其变异进行统计推算 。不外，SeqMan Pro支持查看基于BAM的项目，但不支持对这些项目中的编纂或变异推算，这些变异是在使用SeqMan NGen进行组装时推算的 。
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当苦衷项：
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SeqMan NGen天生蕴含每个contig的BAM比对文件、BAM索引文件、模板文件、变异文件和覆盖文件的组装项目 ；贐AM的项目可所以出缺口的或无缺口的，但始终蕴含纯正的BAM contig 。
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由于BAM比对文件不成编纂，因而一些SeqMan Pro流程无法利用于基于BAM的项目 。本手册中象征了不合用于基于BAM的项主张主题和号令 。
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